जलाधार व्यवस्थापन कार्यक्रम कार्यान्वयन इकाई स्थापनाका मुख्य उद्देश्यहरू निम्नानुसार छन्:-

• पानीजन्य प्रकोपका जोखिमहरु न्यूनीकरण गर्दै जनधनको क्षति कम गर्नुका साथै भूमीको उत्पादकत्वमा वृद्घि गरी जनताको जिविकोपार्जनमा सुधार ल्याउनु।
• भू-क्षय, बाढी, पहिरो, गेग्रान र पांगो माटो थुप्रिने प्रकृयालाई कम गरी सतहमा बग्ने र भुमीगत जल भण्डारमा मात्रात्मक र गुणात्मक सुधार ल्याउनु र विकासका पूर्वाधारहरुको संरक्षण गर्नु ।
• भू तथा जलाधार व्यवस्थापनको सेवा प्रवाहलाई जनताको सहज पहुंचमा पुर्याउनुका साथै प्रदेश सरकारको स्विकृत नीति तथा बजेट कार्यक्रम कार्यान्वयनलाई सहजिकरण गर्नु ।